En 1985 Epecuén quedó anegada durante una inundación que afectó a todo el sistema de lagunas conocidas como encadenadas. Los terraplenes que defendían a la ciudad desde fines de la década anterior cedieron y cerca de la mitad del pueblo quedó sumergido. Al año siguiente Epecuén se encontraba con cuatro metros de agua en algunas zonas y en 1993 la laguna volvió a crecer perdiéndose definitivamente. Hoy en día las aguas están diez metros por encima del nivel antes de la inundación. Sus pobladores que la abandonaron se afincaron principalmente en Carhué debiendo comenzar allí una nueva vida.
Hoy Epecuén es tan solo un recuerdo y su presente es tan solo la historia de un pueblo al que un día lo tapó el agua. Allí quedan los árboles que han muerto de pie y las construcciones, muchas de las cuales todavía asoman emergiendo del agua.
